Ochrana klimatu
I přes složitou ekonomickou situaci způsobenou otřesy na finančních trzích si předsednictví uvědomuje potřebu dostát závazkům v ochraně klimatu a dále usilovat o zachování pozice EU jakožto světového lídra v této oblasti. Při řešení společných závazků bude vedle širších environmentálních aspektů důsledně dbát na ekonomickou udržitelnost jednotlivých kroků, jejich nákladovou efektivitu a ekonomické a sociální dopady z dlouhodobého hlediska.
V oblasti ochrany klimatu povede předsednictví přípravná jednání k dosažení celosvětové dohody o nastavení závazků snižování emisí skleníkových plynů po roce 2012, a to v souladu se závazkem EU k udržení maximálního růstu průměrné globální teploty do 2°C do roku 2050. Dobrou výchozí pozicí pro CZ PRES v této věci je schválení klimaticko-energetického balíčku během FR PRES. České předsednictví bude jednat o nastavení závazků po ukončení prvního kontrolního období Kjótského protokolu po roce 2012, zejména půjde o vyjednávání s USA a dalšími významnými producenty skleníkových plynů (např. Ruskem, Brazílií, Čínou a Indií), a o jejich zapojení do mezinárodního systému ochrany klimatu. Předsednictví v tomto naváže na jednání po konferencích smluvních stran Rámcové úmluvy OSN o změně klimatu (UNFCCC) na Bali (2007) a v Poznani (2008). Předsednictví bude zastupovat EU při jednání UNFCCC a připravovat společnou pozici EU pro jednání v rámci dalších mezinárodních fór, především pro konferenci v Kodani v prosinci 2009. V souladu se závazky Evropské rady z června 2008 bude na jarní Evropské radě 2009 projednán mechanismus financování boje proti změně klimatu. V průběhu předsednictví bude rovněž zahájeno projednávání Sdělení o adaptacích na změnu klimatu. Předsednictví podporuje zavádění takových adaptačních opatření, která berou na zřetel i další aspekty, jako jsou např. ochrana biologické rozmanitosti a půdy. Zmíněná problematika by se měla stát jedním z témat neformální Rady ministrů pro životní prostředí v červnu 2009.
Ochrana lidského zdraví a životního prostředí
V rámci ochrany lidského zdraví a životního prostředí zaměří předsednictví pozornost na následující agendu: posun v projednávání návrhu směrnice o průmyslových emisích; dokončení projednání revize návrhu nařízení o látkách poškozujících ozonovou vrstvu; zahájení projednávání návrhu revize směrnice o národních emisních stropech, bude-li tato předložena Komisí; a zahájení projednávání návrhů směrnic revidujících oblast nakládání s elektroodpady. Předsednictví bude rovněž diskutovat problematiku nakládání s bioodpady v návaznosti na Zelenou knihu EK. České předsednictví bude rovněž koordinovat řadu významných mezinárodních zasedání a aktivit v oblasti ochrany životního prostředí a zdraví. Jde především o jednání o snižování výroby a spotřeby rtuti na 25. zasedání Řídící rady Programu OSN pro životní prostředí v únoru 2009 v Nairobi, o šetrném nakládání s chemickými látkami na 2. Mezinárodní konferenci o chemických látkách a na 4. konferenci smluvních stran Stockholmské úmluvy o perzistentních organických polutantech v květnu 2009 v Ženevě.. Evropská unie za českého předsednictví bude věnovat velkou pozornost přípravě 5. Světového vodního fóra v březnu 2009 v Istanbulu, kde se mezinárodní společenství soustředí na řešení otázky nejen přístupu k vodním zdrojům, ale především na udržitelné a šetrné nakládání s vodními zdroji v souvislosti se změnami klimatu a hrozbou sucha v rozsáhlých částech světa.
Udržitelná spotřeba a výroba
S ochranou životního prostředí i změnou klimatu souvisí otázka udržitelné spotřeby a výroby. Předsednictví podpoří ty iniciativy, které si kladou za cíl informovanost občanů členských států EU. Jedná se především o označování organizací uplatňujících environmentální přístupy (revize stávajícího nařízení k EMAS) a podporu prosazování systému ekologického označování výrobků. Zde se předsednictví pokusí o dosažení dohody v 1. čtení s Evropským parlamentem. Předsednictví se bude dále věnovat reportování informací v rámci EU a systému jejich předávání. K této tématice uspořádá mezinárodní konferenci „Towards eEnvironment“.
České předsednictví vynaloží maximální úsilí, aby na 17. zasedání Komise OSN pro udržitelný rozvoj v květnu 2009 v New Yorku byla přijata účinná politická rozhodnutí k integrovanému prosazování udržitelného rozvoje v takových důležitých oblastech, jako jsou zemědělství, rozvoj venkova, ochrana půdy, boj s desertifikací a suchem i v souvislosti s krizí finančních trhů.
Ochrana biologické rozmanitosti
S ohledem na vzájemnou provázanost ochrany biologické rozmanitosti se změnou klimatu a ochranou půdy se předsednictví zaměří především na Sdělení o invazních druzích. České předsednictví se zároveň pokusí výrazně pokročit v projednávání návrhu nařízení o obchodování s výrobky z tuleňů. K ochraně biodiverzity chce předsednictví přispět konferencí „Conference on Wilderness and Large Natural Habitat Areas“, kterou ve spolupráci s Komisí uspořádá v Praze. Prostřednictvím této konference bude odstartován projekt Wilderness, zaměřený na podporu diskuse o ochraně přírodních a přírodě blízkých oblastí. Předsednictví se dále hodlá věnovat projednávání návrhu směrnice o ochraně půdy, kde chce navázat na kroky francouzského předsednictví.