Do vzniku České inspekce životního prostředí (1991) zabezpečovala dozor nad ochranou vod Státní vodohospodářská inspekce (později Česká vodohospodářská inspekce), zřízená v roce 1960 jako odborný kontrolní orgán pro vodního hospodářství. Teprve začleněním do České inspekce životního prostředí se tato instituce stala orgánem státní správy na úseku vodního hospodářství s oprávněním ukládat finanční sankce a opatření k nápravě.
Hlavní povinností úseku ochrany vod je dozor nad dodržováním zákona č. 254/2001 Sb., o vodách a předpisů a rozhodnutí podle něj vydaných. Tato činnost zahrnuje kontroly u zdrojů znečištění, resp. ohrožení jak komunální, tak průmyslové a zemědělské sféry.
Inspekce je povinna vyžadovat odstranění zjištěných nedostatků a závad, jejich příčin a škodlivých následků, a ukládat opatření k jejich odstranění a nápravě a viníky pokutovat. V případě, že dochází k velmi závažnému ohrožení životního prostředí, je inspekce oprávněna nařídit zastavení výroby nebo jiné činnosti, která ohrožení způsobuje a to až do doby odstranění nedostatků nebo jejich příčin.
Svůj dozor zaměřuje inspekce zejména na :
- vypouštění odpadních vod do vod povrchových a podzemních
- vypouštění odpadních vod s obsahem zvláště nebezpečných závadných látek do veřejných kanalizací,
- výstavbu, provoz a údržbu čistíren odpadních vod a jiných zařízení ke zneškodnění, snížení nebo odstranění znečištění vod
- ochranu povrchových a podzemních vod před znečištěním závadnými látkami, které nastává především při manipulaci s těmito látkami ve větším rozsahu
- odběry podzemních a povrchových vod
Při havarijních únicích závadných látek do vod je inspekce jedním z orgánů, které jsou oprávněny vyšetřovat jejich příčiny, ukládat opatření k odstranění těchto příčin a zjištěné nedostatky sankcionovat. Od doby účinnosti zák. č. 254/2001 Sb. vede inspekce centrální evidenci havárií ohrožujících jakost povrchových a podzemních vod.
Specifickým problémem jsou před privatizací vzniklé kontaminace podzemních vod, horninového prostředí, staveb a nevyhovující skládky. Inspekce ukládá rozhodnutí o nápravných opatřeních a kontroluje průběžně jejich plnění.
Od roku 2000, kdy nabyl účinnosti zákon č. 353/1999 Sb., o prevenci závažných havárií způsobených vybranými nebezpečnými chemickými látkami a chemickými přípravky, který byl od 1. 6. 2006 nahrazen zákonem č. 59/2006 Sb. a tento zákon byl následně od 1. 10. 2015 nahrazen zákonem č. 224/2015 Sb., vykonává oddělení ochrany vod působnost ČIŽP také v agendě tohoto zákona.