ČIŽP provádí kontrolní činnost v oblasti nakládání s geneticky modifikovanými organismy na základě § 31 zákona č. 78/2004 Sb. v platném znění. Kontroluje, jak jsou fyzickými a právnickými osobami dodržována ustanovení právních předpisů a podmínky stanovená rozhodnutími ministerstva, které se týkají nakládání s genetickými organismy a genetickými produkty.
Inspekce spolupracuje s dalšími kontrolními orgány státní správy. Od těchto kontrolních úřadů inspekce přejímá podněty k zahájení správního řízení o uložení pokuty. Dále inspekce může podle § 34 zákona ukládat opatření k nápravě a ukládat pokuty. Ustanovení § 35 a 35a zákona vyjmenovává určení pokut a jejich výši pro fyzické a právnické osoby, které inspekce může uložit. Pokuty je možno ukládat až do výše 5 000 000,- Kč, podle závažnosti porušení zákona.
Registr uživatelů GMO v ČR:
Registr uživatelů geneticky modifikovaných organismů - Ministerstvo životního prostředí (mzp.cz)
Souhrnný seznam povolených GMO: