Odvolání proti správním rozhodnutím ČIŽP
ČIŽP jako orgán státní správy vydává ve správním řízení rozhodnutí sankční povahy (pokuty, omezení nebo zastavení škodlivé činnosti, odebrání nedovoleně držených jedinců apod.) a rozhodnutí nápravného charakteru (opatření k nápravě zjištěných nedostatků). Od 1. 1. 2019 nemůže oddělení ochrany vod ČIŽP kontrolovat a tudíž ani následně rozhodovat o přestupcích či správních deliktech fyzických osob.
U případů zahájených před 31.12.2002 rozhoduje ČIŽP o souhlasech s novými technologiemi a s umístěním zdrojů znečišťování ovzduší. U případů zahájených po 31.12.2002 je dotčeným orgánem státní správy.
Provádí kontrolu činnosti autorizovaných osob (měření emisí a imisí) a podílí se na procesu autorizace (mezilaboratorní porovnání zkoušek).
Součástí vydaného správního rozhodnutí je vždy poučení o možnosti a způsobu podání odvolání jako řádného opravného prostředku.
Proti nepravomocnému správnímu rozhodnutí ČIŽP může účastník řízení podat odvolání do 15 dnů od doručení k Ministerstvu životního prostředí podáním učiněným u správního orgánu, který napadené rozhodnutí vydal, tj. většinou u příslušného oblastního inspektorátu ČIŽP (§ 81 a násl. zákon č. 500/2004 Sb., správní řád, § 96 zákona č. 250/2016 Sb., o odpovědnosti za přestupky a řízení o nich ve znění pozdějších předpisů). Odvolání musí mít náležitosti uvedené v § 37 odst. 2 správního řádu, musí obsahovat údaje o tom, proti kterému rozhodnutí směřuje, v jakém rozsahu ho napadá a v čem je spatřován rozpor s právními předpisy nebo nesprávnost rozhodnutí nebo řízení, jež mu předcházelo. Není-li v odvolání uvedeno, v jakém rozsahu odvolatel rozhodnutí napadá, platí, že se domáhá zrušení celého rozhodnutí. Odvolání se podává s potřebným počtem stejnopisů tak, aby jeden stejnopis zůstal správnímu orgánu a aby každý účastník dostal jeden stejnopis. Nepodá-li účastník potřebný počet stejnopisů, vyhotoví je správní orgán na náklady účastníka.
Přezkoumání vyřízení stížnosti
ČIŽP stejně jako ostatní orgány veřejné správy řeší stížnosti proti nevhodnému chování úředních osob nebo proti postupu správního orgánu (viz rubrika Podávání podnětů a stížností).